En 1999, Javier Pérez Teuffer fue designado nuevo presidente del club y enarboló la bandera del americanismo para hacer regresar a las tribunas a los fieles aficionados de las Águilas y lanzarse a la conquista de los jóvenes corazones que encontraron en el futbol y el América una nueva pasión. En el 2000, el América empezó a retomar el camino de los éxitos, pues ese año jugó la Copa Libertadores y con una actuación destacada llegó hasta la fase de semifinales. Además, en el torneo de Verano de la liga nacional, clasificó a la liguilla.
El gran momento fue en el Verano 2002. Bajo la dirección técnica de Manuel Lapuente, las Águilas llegaron a la final, en la que remontaron un marcador adverso de 0-2 en el juego de ida contra el Necaxa para imponerse, en tiempo extra y con gol de oro de Hugo “Misionero” Castillo, con un marcador global de 3–2. Así terminaron casi 13 años en que los aficionados águilas no veían al equipo de sus amores como monarcas del futbol mexicano.
