Alfredo Amézaga nació en Ciudad Obregón, Sonora, pero realizó sus estudios en Florida, se graduó de High School en Miami y del Junior College en en San Petesburgo.

Comenzó su carrera profesional en 1999 en sucursales de los Angelinos de Anaheim jugando como segunda base o short stop, pasó toda la campaña del año 2000 en Clase A y fue nombrado el mejor defensivo del año de ligas menores de los Angelinos en 2001 combinando actuaciones en equipo de AA y AAA, lo que le valió formar parte del All-Star Futures Game con el equipo internacional.

Hizo su debut en Grandes Ligas el 24 de mayo de 2002 jugando como short stop para Angelinos en contra de Minnesota, su primer hit fue dos días después contra Mellizos y el día 29 se fue de 5-4 contra Kansas City. Tuvo un promedio de bateo de .538 (7 hits en 13 turnos) con dos producidas y tres anotadas. A la defensiva tuvo 18 jugadas como parador en corto sin cometer error. Ese año Anaheim ganó la Serie Mundial.

Inició el año 2003 en ligas menores, era líder de bateo con .347 antes de ser ascendido a finales de julio. Jugó 37 partidos con Anaheim, inició 21 como short stop y 11 en la tercera base, tuvo 105 turnos al bate y conectó 22 imparables para un porcentaje de .210 con dos cuadrangulares y siete producidas.

Para el año 2004 inició nuevamente en sucursales, fue ascendido y tomó parte en 73 partidos pero únicamente tuvo 93 turnos conectando apenas 15 hits para promediar .161 con dos palos de vuelta entera y 11 carreras empujadas, terminó la campaña en sucursales pero tuvo participación en los playoffs, dos turnos al bate y dos ponches en dos diferentes cotejos durante la Serie Divisional.

Cambió de equipo en el año 2005, jugó para los Rockies de Colorado y por primera vez en su carrera estuvo en el roster durante partido inaugural pero apenas jugó dos partidos, como bateador emergente el 6 de abril contra San Diego y a la defensiva el 10 de abril contra San Francisco, apenas un imparable en tres turnos y pasó a las filas de los Piratas de Pittsburgh, con los que jugó tres cotejos, se fue de 3-0 y terminó el año en sucursales.

El 2006 fue su mejor año, llegó a los Marlines de Florida y se convirtió en el jardinero central titular en gran parte de la primera mitad de la campaña, pero también fue utilizado en sus posiciones habituales, la intermedia y las paradas cortas, de hecho, jugó en siete posiciones, únicamente no fue pitcher ni catcher. En 132 partidos que jugó tuvo 334 turnos al bate y conectó 87 hits para un porcentaje de .260 con tres cuadrangulares y 19 carreras producidas, además de que se estafó 20 colchonetas.

Tuvo un lento inicio en el año 2007 pero poco a poco comenzó a consolidarse como el jardinero central titular y primero en el orden al bate. Participó en un total de 133 partidos, rompiendo la marca del año anterior, tuvo 400 turnos al bate y acabó con .263 de porcentaje con 30 dobles, 14 triples y nueve palos de vuelta entera, sin duda, su mejor campaña en las mayores.