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El delantero camerunés debutó en Primera división el 5 de diciembre de 1998 vistiendo la camiseta del Real Madrid y frente al Espanyol, equipo en el que también actuó como cedido.

En cambio, su primer gol llegó con el Mallorca, el 1 de abril de 2000, hace casi seis años. Era la jornada 31 del campeonato de Liga y el delantero se estrenó ante el Espanyol (1-3) en Son Moix, en pleno dominio de Diego Tristán como goleador del Mallorca.

Después de protagonizar una extraordinaria recta final de la temporada 99-00 (firmó sendos dobletes ante Barcelona y Betis), Eto'o se consolidó en el Mallorca de la campaña 2000-01. Jugó 28 partidos, anotó 11 goles y su equipo acabó tercero de la Liga.

En la 2001-02, el Mallorca acusó su floja campaña. El conjunto balear cerró el campeonato en la decimosexta plaza y Eto'o, con 6 goles en 30 partidos.

En 2003, Eto'o firmó su mayor éxito como jugador del Mallorca, al ganar la Copa del Rey frente al Recreativo con dos goles en la final.

Su temporada previa al traspaso al Barcelona también acabó con unas cifras destacadas, 17 goles en 32 partidos de Liga. Y en su primera campaña como azulgrana ganó la Liga, pero se quedó a las puertas del Pichichi (25 goles en 37 partidos) por detrás de Diego Forlán (Villarreal).