Estuvo primero adscrito a Tradicionalismo Renovador, un movimiento capitaneado por Ángel Roberto Seifart. Después se adhirió al oficialismo representado por Rodríguez y su precandidato para la elección primaria colorada de diciembre de 1992, el ingeniero y ministro de Integración Juan Carlos Wasmosy Monti, quien ganó la proclamación de la candidatura y luego la elección presidencial.

En agosto de 1993 Wasmosy tomó posesión de la Presidencia de la República con Seifart de vicepresidente, y Duarte fue nombrado ministro de Educación y Cultura. En 1996 Wasmosy se comprometió a apoyar su precandidatura presidencial aunque posteriormente el mandatario dispuso que recayera en su ministro de Hacienda, Carlos Facetti; sintiéndose agraviado, Duarte rompió con el oficialismo.

Preparó su candidatura presidencial en enero de 2001. El 6 de mayo de 2002 se impuso en la votación con el 47% de las preferencias de los afiliados al ANR-PC. El 22 de diciembre de 2002 consiguió la nominación como candidato presidencial del partido para las elecciones nacionales.

Con 37.1% de los votos, Nicanor Duarte se proclamó presidente, seguido por Franco con el 24%, Fadul con el 21.3% y Sánchez con el 13.5%. Tomó posesión de su gobierno el 15 de agosto para el período presidencial 2003-2008, se convirtió en el undécimo presidente consecutivo de la ANR-PC. Duarte espera que devolverle la seriedad a su partido, para acallar las voces que lo identifican como un club en el que sus miembros gozan de ciertos privilegios.Los analistas consideran que lo difícil será lograr despejarse del lastre que significa una estructura de poder acostumbrada a servirse de los bienes del Estado.

El gran desafío para Duarte Frutos fue presentarse como un candidato firme y de "mano dura". Una frase que se repite frecuentemente en sus discursos. A Duarte Frutos se le considera como un hombre poco influenciable, pero con el interesante antecedente de haberse sabido rodear de gente capacitada al frente del Ministerio de Educación.