Según las instrucciones del titular de la PGR, en un principio la colaboración de la dependencia federal será conforme lo requiera la Procuraduría de Oaxaca, misma que encabezará la indagatoria del atentado.

Conforme avance la indagatoria, se podría enviar un desglose a la PGR para que investigue lo relativo a las armas de fuego utilizadas en el atentado, en caso de que sean de uso exclusivo de las Fuerzas Armadas y si existen indicios de que el atentado fue perpetrado por el crimen organizado.