En noviembre del 2001, por decreto presidencial, la antigua Policía Judicial Federal fue transformada en la Agencia Federal de Investigación, como parte de la reestructuración de la Procuraduría General de la República.

La idea fue hacer una Agencia que cambiara la vieja tradición de policías judiciales que únicamente tenían una labor reactiva ante la delincuencia, para dar prioridad a la investigación científica en contra de la delincuencia organizada.

Entre los principales logros de la AFI, está la detención de 352 secuestradores de 56 diferentes bandas.

La AFI ha atendido 512 casos de secuestro y liberado a 540 víctimas.

En la lucha contra el narcotráfico, AFI ha detenido a 16 mil 584 personas, con la desarticulación de 29 bandas, 285 de los detenidos pertenecían a los grandes cárteles de la droga.

AFI ha asegurado 219 toneladas de mariguana, 15 toneladas de cocaína, 180 kilos de heroína y 3 millones de pastillas psicotrópicas.

Hasta el momento se han desmantelado 39 laboratorios de droga en diferentes estados.

Además, se han erradicado 26 mil hectáreas de mariguana y 16 mil de amapola.

La AFI cuenta en su base de datos con las fichas de 640 presuntos delincuentes y con 775 registros de voz de secuestradores.