Madrigal Trejo, quien estaba adscrito como mando operativo en el Aeropuerto Internacional de la Ciudad de México (AICM), fue agredido a las afueras de su domicilio por dos sujetos que le dispararon en varias ocasiones, provocándole cinco heridas de bala en la región del tórax, por lo que fue trasladado al hospital de Urgencias Traumatológicas "Dr. José Manuel Ortega Domínguez", del Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), en donde falleció.

En el comunicado se informa que la Procuraduría General de la República atrajo la averiguación previa BJ5/T1/478/2005-06, iniciada por la Procuraduría General de Justicia del Distrito Federal (PGJDF), con motivo del homicidio del subinspector de la PFP, Pedro Madrigal Trejo. Asimismo, esta institución inició la averiguación previa 970/2005, por tratarse de un servidor público federal.

Durante su desempeño en el cargo, Madrigal Trejo realizó detenciones por delitos contra la salud y diversos aseguramientos de droga.