Catorce días después, el 17 de marzo, la Procuraduría General de la República solicitó el desafuero del diputado y líder de la bancada perredista en la Asamblea Legislativa.

En abril 6 de 2004 se instaló la Sección Instructora de la Cámara de Diputados; se abría así un proceso de seis meses en los que se cumplió con el desahogo de pruebas; Bejarano solicitó en dos ocasiones amparo contra el desafuero y un juez negó 3 veces orden para arraigarlo.

El 5 de noviembre de 2004, con 444 votos a favor, la Cámara de diputados, erigida en Jurado de Procedencia, resolvió remover el fuero constitucional del legislador, entonces con licencia René Bejarano.

En noviembre 9 de 2004 fue detenido en su casa de Virgilio Uribe, colonia Niños Héroes, y consignado al Reclusorio Sur; días más tarde se resolvieron 2 de 4 cargos que se le fincaron: formal prisión por delitos electorales y auto de libertad por uso de recursos de procedencia ilícita.

En julio 5 de 2005 las 2 causas federales en su contra que estaban pendientes fueron revocadas ; ambas por lavado de dinero. Así terminaron 8 meses en los que René Bejarano fue registrado como el interno 5984 del Reclusorio Sur.