En ocasiones el médico puede solicitar un análisis de materia fecal para descartar la presencia de bacterias, parásitos u otra enfermedad.
En general la gastroenteritis se cura sola y no hay medicamentos específicos para su tratamiento, sin embargo, el médico puede recomendar algún antibiótico y otros medicamentos para el control de la diarrea si lo considera necesario y para los dolores o espasmos abdominales.
Lo más importante es el control de la deshidratación, por lo que se recomendará que la persona enferma tome muchos líquidos, poco a poco pero seguido y no deje de comer alimentos blandos, frutas, jamón, gelatina, caldos, verduras a excepción de las leguminosas como el frijol, lenteja, haba o chícharo seco, que producen muchos gases.
Si la persona llega a tener síntomas de deshidratación: temperatura baja, frío, piel y boca secas, poca orina, sin lágrimas es necesario que tome de inmediato Suero Oral o si no lo retiene, que sea llevado al hospital para que se le administre vía intravenosa, sobre todo si se trata de un niño pequeño o una persona mayor.