Aunque hay síntomas y signos generales que identifican a la enfermedad como una gastroenteritis, como son la diarrea, el dolor, la distensión abdominal y el malestar general, dependiendo del origen y causa pueden presentarse síntomas específicos.
Cuando la infección es ocasionada por las toxinas producidas por bacterias, los síntomas suelen ser: diarrea líquida abundante, sin moco, pus o sangre y dolor abdominal leve y suele durar unos dos días solamente.
El problema principal de este tipo de infección, es la pérdida abundante de líquidos que pueden desencadenar una deshidratación, con sequedad de la piel y las mucosas, disminución de la presión arterial y temperatura, taquicardia y disminución en el volumen de orina.
Cuando la toxina es producida por virus como el del cólera, la diarrea que se presenta es muy intensa, de color pardo-grisáceo al principio y después blanquecina. Debido a que esta enfermedad ocasiona la pérdida de hasta un litro de agua por hora, si no se rehidrata vía intravenosa a la persona de forma inmediata, el enfermo puede deshidratarse y morir en pocas horas.
Cuando los microorganismos o parásitos invaden las paredes intestinales, generalmente provocan una infección que se manifiesta generalmente con fiebre elevada y escalofrío, se presenta poca materia fecal que en ocasiones puede tener sangre o moco.